Javac en tiempo de ejecución
En el directorio lib de la instalación del JDK (No disponible en el JRE) se encuentra tools.jar, con este y las siguientes lineas puedes compilar un fuente de java usando las mismas opciones que por consola.
com.sun.tools.javac.Main javac = new com.sun.tools.javac.Main();
String[] options = new String[] {
"-classpath", classpath, "-d", outputDir, filename
};
javac.compile(options);
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