Javac en tiempo de ejecución

En el directorio lib de la instalación del JDK (No disponible en el JRE) se encuentra tools.jar, con este y las siguientes lineas puedes compilar un fuente de java usando las mismas opciones que por consola.

com.sun.tools.javac.Main javac = new com.sun.tools.javac.Main();
String[] options = new String[] {
"-classpath", classpath, "-d", outputDir, filename
};
javac.compile(options);